Presso il Dipartimento di Chimica, su appuntamento: contattarmi via e-mail.
Claudia Andreini è nata a Firenze il 19/03/1977. Si è laureata in Chimica nel 2002 presso l’Università degli Studi di Firenze con votazione 110/110 e lode. Nello stesso anno è stata titolare di un contratto di collaborazione presso il Centro di Risonanze Magnetiche dell’Università degli Studi di Firenze per lo svolgimento di un progetto dal titolo “Sviluppo di strumenti bioinformatici per la lettura automatizzata dei genomi nella ricerca di potenziali metalloproteine”. Nel 2006 ha conseguito il titolo di Dottore di Ricerca in Scienze Chimiche presso l’Università degli Studi di Firenze (XVIII ciclo) con una tesi dal titolo “Computational biology applied to metalloproteins: in silico prediction and characterization”. Nello stesso anno è stata titolare di un contratto di collaborazione presso il Centro di Risonanze Magnetiche dell’Università degli Studi di Firenze per la caratterizzazione in silico della famiglia di proteine ArsR/MerR coinvolte nel sensing dei metalli a livello cellulare. Dal 2006 al 2010 è stata assegnista di ricerca presso il Centro di Risonanze Magnetiche dell’Università degli Studi di Firenze con un progetto dal titolo “Studi bioinformatici su metalloproteine”. Da febbraio a luglio 2009 l'assegno è stato sospeso per maternità. Nel 2009 è stata nominata cultore della materia in Chimica Generale e Inorganica. Nel 2010 ha vinto il bando FIRB "Futuro in ricerca" 2008 con un progetto dal titolo “Bioinformatics in bioinorganic chemistry: construction of a public database to gather and organize knowledge on metalloproteins, and development of methodologies and software for their analysis”, finanziato dal MIUR per un importo totale di 505.000 Euro e di cui è responsabile scientifico e coordinatore di ricerca. Dal 2010 è ricercatore a tempo determinato presso l'Università degli studi di Firenze.
Attività di ricerca
L'attivita' di ricerca di Claudia Andreini si sviluppa principalmente nel campo della biologia computazionale applicata allo studio e caratterizzazione delle metalloproteine. In qualità di vincitrice del bando FIRB Futuro in ricerca 2008, Claudia Andreini è attualmente coinvolta nello sviluppo del progetto in esso finanziato. Questo riguarda la costruzione di un nuovo database per organizzare e rendere accessibile l’informazione disponibile sulle metalloproteine. Questa nuova banca dati è stata disegnata per integrare l'informazione strutturale dei siti metallici con quella funzionale. Inoltre, nel progetto è previsto lo sviluppo di un pacchetto di programmi destinati ad agevolare lo studio delle metalloproteine per via bioinformatica. In particolare, Claudia Andreini è coinvolta adesso nell’implementazione di software per la predizione funzionale di metalloproteine non caratterizzate e di possibili siti metallici in proteine di struttura nota.
Attività di ricerca all'estero
Nell’ambito di una collaborazione con il gruppo di Janet Thornton, una delle personalità più importanti nel campo della bioinformatica, Claudia Andreini ha lavorato per un periodo di tre mesi (ottobre 2006-gennaio 2007) presso lo European Bioinformatics Institute (EBI) di Hinxton (UK). E' responsabile di un progetto di ricerca in collaborazione con l’EBI per lo sviluppo di un database di meccanismi di reazione di metalloenzimi in cui sono annotati ruoli e proprietà dei metalli catalitici (Metal-MACiE, http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/Metal_MACiE/home.html ).
Collaborazioni di ricerca
Claudia Andreini ha lavorato e lavora in collaborazione con numerosi gruppi di ricerca sia nazionali che internazionali: Istituto Superiore di Sanità, gruppo di Barbara Ensoli (Roma); Dipartimento di Sistemi e Informatica di Ingegneria dell’Università degli Studi di Firenze, gruppo di Paolo Frasconi (Firenze); European Bioinformatics Institute (EBI), gruppo di Janet Thornton (Hinxton, UK); Università di Newcastle, gruppo di Nigel J. Robinson (UK); Università di Cambridge, gruppo di Michele Vendruscolo (UK); Università di Goiàs, gruppo di Alexandre Bailao (Brasile); Università di Wisconsin-Madison, gruppo di David Eide (USA).
Attività didattica
Luglio 2004: Tutore per il corso estivo intensivo dal titolo ”Bioinorganic chemistry and applications” (titolare prof. I. Bertini) presso l’Università di Ioannina (Grecia)
2005: Tutore del corso “Introduction to bioinformatics” (titolare prof. A. Rosato) per il Dottorato Internazionale in Biologia Strutturale presso l’Università degli Studi di Firenze
2006: Titolare del corso “Structural bioinformatics” per il Dottorato Internazionale in Biologia Strutturale presso l’Università degli Studi di Firenze
a.a. 2006-07, 2007-08: Tutore per l’insegnamento di Chimica Generale e Inorganica del Corso di Laurea in Chimica (titolare prof. I. Bertini), presso l’Università degli Studi di Firenze
a.a. 2008-09: Tutore e commissario d’esame dell’insegnamento di Chimica Inorganica II (titolare prof. L. Banci) del Corso di Laurea Specialistica in Chimica presso l’Università degli Studi di Firenze
a.a. 2009-10, 2010-11: Tutore e commissario d'esame dell'insegnamento in Chimica Inorganica Superiore (titolare Prof. L. Banci) del Corso di Laurea Magistrale in Scienze Chimiche presso l'Università degli Studi di Firenze
Dicembre 2010: Membro del collegio dei docenti dell’ International Doctorate in Mechanistic and Structural Systems Biology/Structural Biology dell’Università degli Studi di Firenze; tutore della dottoranda di ricerca Serena Lorenzini
29 agosto-10 settembre 2011: Docente di Scienze della Vita per la Summer Session School dal titolo "ICT e Life Sciences" organizzata dalla Regione Toscana a San Rossore (PI)
Gennaio 2012: Tutore della dottoranda di ricerca Yana Valasatava
a.a. 2011-12, 2012-13: Titolare dell’insegnamento del Laboratorio di Chimica Generale e Inorganica per il corso di laurea in Chimica , presso l’Università degli Studi di Firenze
Claudia Andreini ha inoltre tenuto numerose lezioni in vari corsi universitari e di dottorato di ricerca.
Presentazioni orali
Settembre 2006, Firenze (Italia):
XXII congresso della Società Chimica Italiana (SCI)
Titolo presentazione: Identification of metalloproteins in the genomes and their functional annotation
Novembre 2006, Hinxton (UK):
Seminario allo European Bioinformatics Institute
Titolo presentazione: In silico prediction and functional characterization of metalloproteomes
Dicembre 2006, Londra (UK):
Seminario al Research Department of Structural and Molecular Biology presso lo University College of London (UCL)
Titolo presentazione: Metalloproteins in proteomes
Agosto 2007, Parigi (Francia)
3rd BioXAS Study Weekend - "Metalloproteomics", meeting satellite della 9th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation (BSR2007) (http://www.synchrotron-soleil.fr/workshops/2007/BIOXAS-SWE)
Titolo presentazione: Search of metalloproteins in proteomes: a bioinformatics approach
Gennaio 2008, HInxton (UK):
Titolo presentazione: Metal-MACiE: a database of catalytic metal ions
Luglio 2009, Hinxton (UK):
Titolo presentazione: Bioinformatics in bioinorganic chemistry: construction of a public database to gather and organize knowledge on metalloproteins, and development of methodologies and software for their analysis
29 Agosto 2011, San Rossore (Italia):
Lezione alla Summer Session School “ICT e Life Sciences” della Regione Toscana
Titolo presentazione: Introduzione alle Life Sciences
30 Agosto 2011, San Rossore (Italia):
Titolo presentazione: Life Sciences e ICT
31 Agosto 2011, San Rossore (Italia):
Titolo presentazione: Le frontiere della sinergia tra ICT e Life Sciences
Partecipazione a congressi
17-20 Ottobre 2002:
Titolo: 6th European NMR Large Scale Facilities User Meeting
Luogo: Montecatini Terme (PT), Italia
Ruolo: Partecipante
25-30 Maggio 2003:
Titolo: 10th Chianti Workshop on Magnetic Resonance
Luogo: San Miniato (PI), Italia
Ruolo: Organizzazione (segreteria)
31 Agosto-5 Settembre 2003:
Titolo: Advanced computing in NMR Spectroscopy
Luogo: Firenze, Italia
Ruolo: Organizzazione (materiale didattico)
22-27 Marzo 2004:
Titolo: 1st International Meeting on Genome-based Drug Discovery
Ruolo: Organizzazione (slide-center), presentazione poster
4-8 Ottobre 2005:
Titolo: 1st European Conference on Chemistry for Life Sciences
Luogo: Rimini, Italia
15-19 Maggio 2006:
Titolo: 4th BioSapiens European School in Bioinformatics
Luogo: Oeiras (Portogallo)
Ruolo: partecipante
10-15 Settembre 2006:
Titolo: XXII congresso della Società Chimica Italiana
Ruolo: relatore
11-12 Agosto 2007:
Titolo: 3rd BioXas Study Weekend on Metalloproteomics
Luogo:Parigi, Francia
4-9 Luglio 2010:
Titolo: Worldwide Magnetic Resonance Conference 2010
Ruolo: Organizzazione (segreteria, editore del libro degli abstract), presentazione poster
26-29 Settembre 2010:
Titolo: European Conference on Computational Biology
Luogo: Ghent, Belgio
Ruolo: presentazione poster
Capacità e competenze personali
Lingue straniere: Ottima conoscenza dell’inglese parlato e scritto, in particolare dell’inglese scientifico
Sistemi operativi: Ottima conoscenza Unix/Linux, Windows; buona conoscenza MacOS
Applicazioni software: Ottima conoscenza dei pacchetti Office e Open-Office, programmi di grafica
Linguaggi di programmazione e scripting: Fortran77, Python, Perl, Bash, HTML, SQL
Altre abilità di programmazione: Conosce ed applica le tecniche di sviluppo di database relazionali ed è in grado di costruire interfacce grafiche web
Stesura progetti: Claudia Andreini ha esperienza nella stesura di progetti europei e italiani
L'attivita' di ricerca di Claudia Andreini si sviluppa principalmente nel campo della biologia computazionale applicata allo studio e caratterizzazione delle metalloproteine.
Claudia Andreini ha sviluppato metodologie per la predizione bioinformatica di siti che legano ioni metallici nelle sequenze proteiche che ha poi applicato alla predizione dei metalloproteomi ottenendo così informazioni sull’utilizzo di specifici metalli da parte degli organismi per svolgere determinate funzioni, e su come tale utilizzo è mutato nel corso dell’evoluzione. Ha inoltre sviluppato e applicato protocolli per l’analisi in silico di famiglie di metalloproteine di interesse farmacologico. Piu' recentemente ha iniziato a sviluppare database incentrati sulle metalloproteine, sviluppando in collaborazione con l'European Bioinformatics Institute di Hinxton, un database incentrato sull’annotazione delle proprietà e dei ruoli dei metalli nella catalisi enzimatica (MetalMACiE) e nell'ambito di un progetto FIRB futuro in ricerca 2008, un database di siti metallici nelle strutture proteiche (MetalPDB). Questa nuova banca dati è stata disegnata per integrare l'informazione strutturale dei siti metallici con quella funzionale. Infine, Claudia Andreini si occupa di costruire strumenti bioinformatici per la caratterizzazione in silico di siti metallici.
Legenda
Claudia Andreini was born in Florence on 19/03/1977. She graduated in Chemistry in 2002 (110/110 cum laude) at the University of Florence. In that year she was a collaborator at the Magnetic Resonance Center of the University of Florence within a project entitled "Development of bioinformatics tools for automated genome browsing to search potential metalloproteins". In 2006 she received her PhD in Chemical Sciences from the University of Florence after discussing a thesis entitled “Computational biology applied to metalloproteins: in silico prediction and characterization”. In that year she was a collaborator at the Magnetic Resonance Center of the University of Florence to carry out the in silico characterization of the ArsR/MerR family of proteins involved in metal sensing in cells. From 2006 to 2010 she worked at the Magnetic Resonance Center of the University of Florence within a project ("assegno di ricerca") entitled "Bioinformatics studies on metalloproteins". FromFebruary to July 2009 she was on maternity leave. In 2009 she was named "cultore della materia" in General and Inorganic Chemistry. In 2010 she was a winner of the FIRB call "Futuro in Ricerca" 2008 with a project proposal entitled “Bioinformatics in bioinorganic chemistry: construction of a public database to gather and organize knowledge on metalloproteins, and development of methodologies and software for their analysis”, which was funded by MIUR for a total of 505,000 Euros and of which she is the principal investigator and research coordinator. Since 2010 she is associate researcher at the University of Florence.
Research activity
The research activity of Claudia Andreini is primarily carried out in the field of computational biology applied to the study and characterization of metalloproteins. As a winner of the FIRB call "Futuro in Ricerca" 2008, she is presently involved in the development of the project funded by this call. The project deals with the construction of a new database to organize and facilitate the access to the available information on metalloproteins. This new database was designed to integrate the structural knowledge on metal sites with functional information. Furthermore, the project involves the development of a package of programs aimed at facilitating the study of metalloproteins via bioinformatics. Specifically, Claudia Andreini is presently involved in the implementation of software tools for predicting the function of uncharacterized metalloproteins and putative metal sites in proteins with known structure.
Research activity abroad
Within a collaboration with the group of Janet Thornton, a major personality in the field of bioinformatics, Claudia Andreini worked for a period of three months (October 2006-January 2007) at the European Bioinformatics Institute (EBI) in Hinxton (UK). She is in charge of a research project in collaboration with the EBI to develop a database of reaction mechanisms of metalloenzymes in which roles and properties of catalytic metals are annotated (Metal-MACiE, http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/Metal_MACiE/home.html ).
Research collaborations
Claudia Andreini worked and is working in collaboration with several research groups both italian and international: Istituto Superiore di Sanità, group of Barbara Ensoli (Rome); Department of systems and informatics at the Faculty of Engineering of the University of Florence, group of Paolo Frasconi (Florence); European Bioinformatics Institute (EBI), group of Janet Thornton (Hinxton, UK); University of Newcastle, group of Nigel J. Robinson (UK); University of Cambridge, group of Michele Vendruscolo (UK); University of Goiàs, group of Alexandre Bailao (Brazil); University of Wisconsin-Madison, group of David Eide (USA).
Teaching activity
July 2004: Tutor for the intensive summer course ”Bioinorganic chemistry and applications” (held by prof. I. Bertini) at the University of Ioannina (Greece)
2005: Tutor of the course “Introduction to bioinformatics” (held by prof. A. Rosato) for the International Doctorate in Structural Biology at the University of Florence
2006: Holder of the course “Structural bioinformatics” for the International Doctorate in Structural Biology at the University of Florence
a.y. 2006-07, 2007-08: Tutor for the course of General and Inorganic Chemistry, Degree in Chemistry (held by prof. I. Bertini) at the University of Florence
a.y. 2008-09: Tutor and examiner for the course of Inorganic Chemistry - II, Specialistic Degree in Chemistry (held by prof. L. Banci) at the University of Florence
a.y. 2009-10, 2010-11: Tutor and examiner for the course of Superior Inorganic Chemistry, Master Degree in Chemical Sciences (held by prof. L. Banci) at the University of Florence
December 2010: Member of the board of teachers of the International Doctorate in Mechanistic and Structural Systems Biology/Structural Biology at the University of Florence; tutor of the PhD student Serena Lorenzini
29 August-10 September 2011: Teacher of Life Sciences for the Summer Session School "ICT and Life Sciences" organized by Regione Toscana at San Rossore (PI)
January 2012: Tutor of the PhD student Yana Valasatava
a.y. 2011-12, 2012-13: Holder of the course of Laboratory of General and Inorganic Chemistry, Degree in Chemistry at the University of Florence
In addition, Claudia Andreini held lectures in several University and Doctorate courses.
Oral presentations
September 2006, Florence (italy):
XXII Conference of the Italian Chemical Society (SCI)
Title: Identification of metalloproteins in the genomes and their functional annotation
November 2006, Hinxton (UK):
Seminar at the European Bioinformatics Institute
Title: In silico prediction and functional characterization of metalloproteomes
December 2006, London (UK):
Seminar at the Research Department of Structural and Molecular Biology, University College of London (UCL)
Title: Metalloproteins in proteomes
August 2007, Paris (France)
3rd BioXAS Study Weekend - "Metalloproteomics", meeting satellite of the 9th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation (BSR2007) (http://www.synchrotron-soleil.fr/workshops/2007/BIOXAS-SWE)
Title: Search of metalloproteins in proteomes: a bioinformatics approach
January 2008, HInxton (UK):
Title: Metal-MACiE: a database of catalytic metal ions
July 2009, Hinxton (UK):
Title: Bioinformatics in bioinorganic chemistry: construction of a public database to gather and organize knowledge on metalloproteins, and development of methodologies and software for their analysis
29 August 2011, San Rossore (Italy):
Lecture at the Summer Session School “ICT and Life Sciences” of Regione Toscana
Title: Introduction to Life Sciences
30 August 2011, San Rossore (Italy):
Title: Life Sciences and ICT
31 August 2011, San Rossore (Italy):
Title: The frontiers of the synergy between ICT and Life Sciences
Participation to Conferences
17-20 October 2002:
6th European NMR Large Scale Facilities User Meeting
Place: Montecatini Terme (PT), Italy
Role: Participant
25-30 May 2003:
10th Chianti Workshop on Magnetic Resonance
Place: San Miniato (PI), Italy
Role: Organizer (secretariat)
31 August-5 September 2003:
Advanced computing in NMR Spectroscopy
Place: Florence, Italy
Role: Organizer (didactic materials)
22-27 March 2004:
1st International Meeting on Genome-based Drug Discovery
Role: Organizer (slide center), poster presentation
4-8 October 2005:
1st European Conference on Chemistry for Life Sciences
Place: Rimini, Italy
15-19 May 2006:
4th BioSapiens European School in Bioinformatics
Place: Oeiras (Portugal)
Role: participant
10-15 September 2006:
XXII Conference of the Italian Chemical Society
Role: speaker
11-12 August 2007:
3rd BioXas Study Weekend on Metalloproteomics
Place: Paris, France
4-9 July 2010:
Worldwide Magnetic Resonance Conference 2010
Role: Organizer (secretariat, editing abstracts' book), poster presentation
26-29 September 2010:
European Conference on Computational Biology
Place: Ghent, Belgium
Role: Poster presentation
Foreign languages: Very good knowledge of spoken and written English, especially scientific English
Operating Systems: Very good knowledge of Unix/Linux, Windows; good knowledge of MacOS
Software applications: Very good knowledge of the Office and Open Office packages, graphics tools
Programming and scripting languages: Fortran77, Python, Perl, Bash, HTML, SQL
Other programming abilities: Knowledge and application of the methods for developing relational databases and web graphic interfaces
Writing projects: Expertise in writing projects for European and Italian calls